Elokuva käsittelee subjektiivisten muistojen ja todellisuuden välistä ristiriitaa sekä kasvatusmetodien periytymistä. Keskeisiä kysymyksiä ovat vallankäyttö sekä arvojen ja tapojen siirtäminen sukupolvelta toiselle. Kuinka paljon toistamme isiltä opittuja käytösmalleja, ovatko isiemme arvot käyttökelpoisia nykymaailmassa, pystymmekö muuttumaan ja onko meillä voimia katkaista tätä ketjua? Vaikka elokuvan aihe on vakava, siihen sisältyy myös mustaa huumoria.
Isältä pojalle kertoo isien ja poikien välisistä suhteista yhden suvun kautta; dokumentin päähenkilöt edustavat neljää miespolvea. Elokuva rakentuu useista eri aikatasoista: nykyhetkestä sekä historiasta, joka tulee esiin haastatteluiden ja vanhan kuva-arkistomateriaalin kautta. Menneisyydestä kertovien haastattelujen ja ohjaajan oman psykoterapiamateriaalin rinnalla elokuvassa kulkee tästä päivästä kertova cinéma vérité –materiaali.