15-vuotias Emilia on perheensä vastuunkantaja: pikkuäiti seitsenvuotiaalle siskolleen Elsalle, sijainen yksinhuoltajaisälleen Juhanille tämän ollessa matkoilla ja kiltti tytärpuoli Juhanin uudelle vaimolle Tuulalle. Ysin keskiarvo, paikka koulun juoksujoukkuessa, mukava poikaystävä. Emiliasta tuntuu, että jokin puuttuu hänen elämästään, mutta hän ei tiedä, mitä se voisi olla.
Kesäloman viimeisenä viikonloppuna Emilia tapaa yöuinnilla Siirin, 16, joka näyttää olevan kaikkea sitä, mitä Emilia tahtoisi olla: vapaa, rohkea, itsenäinen. Tyttöjen intohimoinen ystävyys korvaa pian kaiken Emilian elämässä. Hän uskaltaa ensimmäistä kertaa unohtaa velvollisuutensa ja olla nuori.
Sisko tahtoisin jäädä on elokuva nuoruuden kauneudesta ja kipeydestä.