Kertomus pienen tytön ja suuren koiran ystävyydestä.
Myrskyn tarina alkaa vuodesta 1989, jolloin Berliinin muuri murtuu. Suomalainen isä kohtaa itä-berliiniläisellä torilla oudon koiranpennun, joka istuu laatikossa yhdessä kananpoikien kanssa. Pentu ollaan aikeissa lopettaa. Niinpä isä päättää pelastaa pennun ja kuljettaa sen perheensä lemmikiksi Suomeen.
Perheen äiti ja tyttäret, Muru, 7v, ja Minttu, 13v, ihmettelevät outoa karvapalloa. Kukaan perheestä ei tiedä koirasta mitään, edes sen rotua. 7-vuotias Muru ottaa koiran hellään huomaansa. Murun rakastavassa hoivassa Myrsky kasvaa ilman sääntöjä ja rajoja. Hellyttävästä karvapallosta kasvaa yhtäkkiä suuri, traktorimainen lihaskimppu.
Mitkään aidat, köydet tai kahleet eivät pidättele väkivahvaa koiraa, kun se alkaa parhaan kykynsä mukaan huolehtia Marjamäen perheestä ja erityisesti pikku-Murusta. Sen saavat kokea niin Mintun poikaystävä Romppu, naapurit ja koulun rehtori kuin poliisikin.
Myrsky saa kaupungissa aikaan melkoisen mylläkän. Lopulta perheelle myös selviää salaperäisen koiran arvoitus. Myrskyn vanhemmat olivat olleet Berliinin muurin vartijoita. Kun muuri murtui, lopetettiin 7 000 muuria vartioinutta koiraa ja niiden pentuja annettiin kenelle tahansa.
Myrsky-elokuva perustuu tositapahtumiin kaukasianpaimenkoiran historiassa. Se kertoo, miten 1900-luvun Euroopan poliittinen koneisto käänsi tämän ihmisen parhaan ystävän, koiran, ihmistä vastaan.